在亞美斯多利斯期間，愛德華?艾爾利克（樸璐美 飾）和弟弟阿爾方斯（釘宮理恵 飾）遭遇了還有兩個(gè)月就可以刑滿釋放的越獄犯梅爾文（森川智之 飾），結(jié)果發(fā)現(xiàn)對(duì)方擁有不輸于艾爾利克兄弟的強(qiáng)大煉金術(shù)。根據(jù)梅爾文在監(jiān)獄留下的蛛絲馬跡，兄弟二人前往西方的大國(guó)古雷達(dá)調(diào)查。在這里他們的火車遭到神秘黑蝙蝠的襲擊，同時(shí)也遇到了梅爾文尋找的少女茱莉亞?克萊頓（坂本真綾 飾）。一番混亂之后，他們相繼來到位于地下的貧困之鎮(zhèn)米洛斯。米洛斯是大國(guó)夾縫中的犧牲品，而她的人民也決定利用圣星的利用重新復(fù)興祖國(guó)與民族…… 本片根據(jù)荒川弘的漫畫原著改編。