到這季開始時(shí)，X檔案已是家喻戶曉的科幻影集了。雖然仍被某些人認(rèn)為太過偏激，但在金球獎(jiǎng)艾美獎(jiǎng)紛紛獲得肯定。第四季仍是過去一貫的風(fēng)格，但加入了許多穆德、史考莉的個(gè)人生活。在該季中，“黑油”“天花蜂”的出現(xiàn)使有關(guān)“真相”的調(diào)查變得更加坎坷而且撲朔迷離。另外一重大發(fā)展則是史考莉發(fā)現(xiàn)自己患有癌癥，住院治療，病情雖穩(wěn)定住，但仍有危險(xiǎn)。本季也介紹癌人的年輕時(shí)代，向觀眾交待他的歷史。本季也包括了一集喜劇。本季結(jié)束于穆德在從阿拉斯加調(diào)查回來后對(duì)生命絕望，因而舉槍自殺。